是原本占據了三號機的使徒，它並沒有被朗基努斯之槍刺死，Ll用某種手段，讓那個使徒以這種形態和Mark.06融合並在此時此刻蘇醒過來。
使徒之間，互為敵人。
隻有一個存在能回歸亞當，剩餘的都會被淨化。
所以，第十三使徒，對渚薰發起了攻擊。
渚薰失去了對Mark.06的掌控，但Mark.06依然擁有著增幅過後的AT力場。
這個AT力場仿佛結界一般，將渚薰封鎖住。
Mark.06的S2機關在此刻爆炸了，其釋放出的足以毀滅周邊一切的能量，被限製在Mark.06的內部。
連爆炸的聲音都沒有，就像是一切收縮成了一個奇點。
渚薰和Mark.06一起，化作了虛無。
SEELE，魂之座。
“朗努基斯之槍終於回到了祂的手中。”
“所有的使者都完成了他們的任務。”
“雖然有些冒險，但我們的願望終於要實現了。”
“條件還不完備，但也隻能如此，再拖下去，恐生變數。”
“讓EVA量產機，歸於其原貌。”
“帶給我等人類福音的真貌。”
“透過平等的死和祈禱，人們將歸其原貌。”
“這也是靈魂的安息。”Keel議長說：“那就開始儀式吧。”
“現在讓中心之樹複活，我等仆從，EVA量產機，就是為了此刻而誕生的。”
碇源堂帶著綾波麗，來到了最終教條區。
他提前Mark.06一步來到了這裡，為了防止他手上的亞當胚胎引起渚薰的注意，他一直蟄伏著，等待Mark.06按照計劃湮滅才現身。
他趟過了橙色的生命之水，抬頭看向天花板上的大洞。
碇源堂的得知的計劃當中，是要用莉莉絲來舉行最後的儀式的，所以才讓與亞當融合的他回到ERV。
但是從現在的情況來看，SEELE的真實計劃，是要以初號機為神的替身，他也隻是SEELE計劃中的一部分。
不過他早有預料，老人們可不是那麼簡單就能處理的對手。
捕獲了S2機關，並且融入了人類靈魂的初號機，同時擁有了生命果實和智慧果實，初號機已經有了成神的資格。
碇真嗣沉睡的靈魂醒了過來，朗基努斯之槍束縛住了初號機的動作，他什麼都做不了，隻能眼睜睜看著EVA量產機咬住初號機的光翼，將仿造的聖槍插入自己的胸膛。
強大的反AT力場，以初號機為中心爆發出來。
這便是第三次衝擊的開始，與十五年前的第二次衝擊如出一轍。
身處地下生態圈的明日香和美裡，能透過那個大洞看到天空中的初號機。
美裡想起了十五年前的記憶，她那個時候還是個孩子，和父親一起在南極，見證了第二次衝擊的發生。
唯有她被父親塞進救生艙活了下來，其他人都死了。
“又來了嗎？”美裡咬牙：“難道我們還是什麼都做不了嗎？”
身處最終教條區的綾波麗，她的身上開始出現了變化。
她的身體好像太陽底下的冰淇淋一樣融化了，開始失去人的形狀。
“麗，AT力場沒辦法維持住你的人形了。”
碇源堂脫下了手套，他掌心融入了亞當的胚胎，呈現出一種扭曲的樣子。
正在他想要觸碰綾波麗的時候，伊恩終於騎著兵長抵達了最終教條區。
他隻比Mark.06晚到十幾秒鐘，這十幾秒鐘是為了保護美裡和明日香耽擱的時間，但就是這十幾秒，Mark.06就消失得無影無蹤了。
他不清楚到底發生了什麼，但看到碇源堂和綾波麗出現在這裡，一副要啟動第三次衝擊的樣子，他便明白，渚薰恐怕和原來一樣，被SEELE給算計了。
力天使、和子宮天使被初號機解決，鳥天使死於伊恩的手中，最後的自由天使迎來了他的宿命。
SEELE以伊恩沒預想之外的方式，湊齊了人類補完計劃的條件。
碇源堂看了一眼伊恩，咬咬牙，用力把亞當的胚胎伸入綾波麗的腹部，想要借此與莉莉絲融合。
“來吧，麗，把我帶到唯那裡去！”
“綾波麗！”伊恩大喊一聲：“我也覺得你很適合當家庭主婦！”
長期指揮工人讓他練就了一副中氣十足的大嗓門。
綾波麗聽到這句話，原本失去高光的眼睛，忽然亮了起來，猛地一下把碇源堂推開。
“我不是你的人偶！”快要融化的綾波麗，朝著伊恩這邊跑來。
可是綾波麗卻無法控製自己。
釘在十字架上的殘缺莉莉絲生長到了完全狀態，從莉莉絲的身體上傳來巨大的吸力，莉莉絲的身體正在渴望自己的靈魂。
綾波麗飛到了半空中，被莉莉絲吸了過去。
“兵長！去綾波那邊！”伊恩大喊，巨大的結晶柱在地麵生長，給立體機動裝置創造了載體
利威爾咂嘴，在空中回旋。
莉莉絲的身體墜落，合金牆壁、結晶柱祂的身體穿過了物質形成的事物，仿佛虛化的投影。
與此同時，一個碇源堂意想不到的人，出現在了出入口那裡。
是赤木律子，赤木律子被許多人扶著，有人為她的傷口做了包紮。
碇源堂的那一槍擦著她的心臟穿過去了，在她昏迷過後，原本躲在指揮室的年輕人們救助了她，帶著她來到了最終教條區。
“律子小姐，雖然發生了很多事情，但是我們都很感謝你一直以來對我們的照顧。”
這是青葉對律子說的話。
“還趕得及！”律子大聲說：“綾波麗，把伊恩帶到莉莉絲那裡去，你們要去初號機，去真嗣那裡！”
律子的話沒說完，伊恩已經來到了綾波麗身邊。
綾波麗徹底失去人的形狀了，莉莉絲的身體砸下，砸入LCL之中。
伊恩和綾波麗一起融入了莉莉絲，那個純白的身軀出現了變化，變成了綾波麗的形狀。
律子微笑：“剩下的，就交給你們了。”
啪的一聲，她和在場的所有的年輕人，包括碇源堂，都失去了AT力場，還原成了最原始的生命之水。
(本章完)