天啟十七年末，朱由校下旨對十二監、四司、八局進行了徹底的改革。
首先，將十二監整合為了司禮監、內官監、尚膳監、都知監、神宮監；四司整合為惜薪司、鐘鼓司；八局整合為兵仗局、內織染局、酒醋麵局、浣衣局。
二十四監被撤並為十一監，多餘出的三萬太監、宮女被放出宮歸家。當然，鑒於他們為皇室效力了終身，朱由校還是下令每人都給了一筆豐厚的養老費。
朱由校也清楚，為宮內服務了一輩子的三萬太監、宮女，肯定與社會完全脫節。宮女還好，一般都是姿色上乘，一般出宮都還能找到好歸宿。
太監不同，沒有謀生的能力，又不能結婚生子，後半輩子鐵定孤苦伶仃。為此，他還是令龍驤商會將這些太監吸收過去，按照個人的能力進行了妥善的安置。
一番改革之後，宮廷內監精簡了半數以上，內宦隊伍也裁撤了半數。
在對內廷進行改革的同時，他還廢除了土貢製度。
明代地方向皇室和中央政府無償提供的物資統稱為“上供物料”,具體又可分為“上供”和“物料”兩種。之後,又出現了“額辦”、“額外派辦”和“不時坐派”等名目,土貢擾民日深。之後,隨著明代社會經濟的發展,到了明代中後期,“土貢征銀”成為一種普遍的社會現象。
明代的土貢物品可謂包羅萬象,主要有紡織品、藥品、日常生活用品、珍禽異獸、家禽、銅、鐵、皮革、紙等。關於土貢的管理,明代土貢由戶部統一管理和征收。
在征收的途徑上,明代土貢主要來源於官府收購、裡甲民戶或專門的貢戶供辦和官辦手工業製造三種途徑。明代土貢進貢的方法主要有按田糧和按裡甲征收兩種。土貢物品的運輸主要依靠專門的運輸機構馬快船和遞運所。在入庫和支用方麵,進貢物品分彆藏於內承運庫、內府供用庫、光祿寺庫等庫中,以供皇室對各種物料的需求和消費。而貢品的支出主要用於皇室日常生活用品、祭祀及賞賜等。
山東是明代中央政府財政收入的重要來源地。明代山東土貢是山東地區人民在賦稅交納之外,又向明朝政府和皇室進貢本地土特產品的一種物品繳納形式。明代山東土貢物品的類型主要包括藥物、皮張、禽畜、翎毛、石料、金屬以及日常生活用品等。本文結合明代山東部分府縣土貢征收情況,歸納出其主要特點有種類相對有限、“貢所非產”的現象不明顯、“土貢折銀”現象、土貢數量很大以及山東曲阜地區孔氏的減免特權等。
廢除土貢製度，等於直接減輕了地方百姓身上的枷鎖，朱由校繼位以來，朝廷財政支出中多了一項非常重要的名目，那便是采購支出，而這就是用於官府、宮廷收購土貢所用。但是，這僅僅隻是改變了一部分現狀。
比如，宮廷需求的藥物、皮張、禽畜、翎毛、石料、金屬以及日常生活用品等大部分還是以上貢形式進入內庫。這次一並被廢除。
他還將目光投向了內庫。
內府凡十庫：內承運庫，貯緞匹、金銀、寶玉、齒角、羽毛，而金花銀最大，歲進百億元上下。廣積庫，貯硫黃、硝石。甲字庫，貯布匹、顏料。乙字庫，貯胖襖、戰鞋、軍士裘帽。丙字庫，貯棉花、絲纊。丁字庫，貯銅鐵、獸皮、蘇木。戊字庫，貯甲仗。贓罰庫，貯沒官物。廣惠庫，貯錢鈔。廣盈庫，貯紵絲、紗羅、綾錦、?絹。六庫皆屬戶部，惟乙字庫屬兵部，戊字、廣積、廣盈庫屬工部。又有天財庫，亦名司鑰庫，貯各衙門管鑰，亦貯錢鈔。供用庫，貯粳稻、熟米及上供物。以上通謂之內庫。
其中，最為核心的便是內承運庫，也就是內庫或是內帑。全國三十省，超過八成以上的金銀礦山，九成的煤礦，六成的鐵礦，均是龍驤商會旗下。也就是說這些礦山的收益幾乎全部歸入了內帑中。
要知道，連皇家銀行都是由內帑衍生出來的，可想而知，內帑得有多富有。
朱由校經過一番深思熟慮之後，做出了最終的裁定。獨留內承運庫也就是內帑，其餘的所有庫房全部徹底納入六部管轄。也就是說，原來這些庫是由哪個部管的，如今這些庫全部就歸入那個部所有，內廷不再插手這些庫房的管理。
做出這些決定，朱由校並沒有與外廷有過過多的溝通和商議，就直接拍板了。
這些庫房的收入未來都將被納入朝廷的財政收入，相信也能部分的緩解朝廷的財政赤字。
最後，朱由校將目光投向了龍驤商會。
龍驤商會如今已然成長為一個令人矚目的龐然大物，其規模和影響力之大，堪稱大明王朝的唯一獨角獸。據不完全統計，該商會一年的營業額早已突破了上萬億這個驚人數字。
在其龐大的商業版圖中，幾乎涵蓋了全國各地的煤礦、鐵礦、金銀礦等重要資源產業，以及絲綢、茶葉、糧食、食鹽等與民生息息相關的行業。這種近乎壟斷的經營模式，使得商會在經濟領域擁有著無與倫比的話語權和掌控力。
然而，正如現代人所熟知的那樣，獨有經濟並非一種健康的經濟模式。隨著時間的推移，這種模式所帶來的危害也開始逐漸顯現出來。
如今的大明王朝，不僅僅是普通百姓在為商會辛勤勞作，就連朝廷也無法幸免。全國的工商業未能迎來大規模的爆發式增長，很大程度上正是因為商會的觸角已經延伸到了所有的行業領域。
在這樣的環境下，私有工商業麵臨著巨大的競爭壓力。畢竟，有人的地方就必然存在競爭，而麵對如此強大的獨角獸，私有工商業又如何能夠與之抗衡呢？這無疑是一種降維打擊，使得其他企業在市場競爭中處於絕對的劣勢地位。
可以說，當初龍驤商會給國家和百姓帶來的利益有多大，如今它所造成的危害就有多大。這種情況對於大明王朝的經濟發展和社會穩定都產生了深遠的影響，亟待采取有效措施加以解決。
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