此外，還修築了赫圖阿拉等城堡，補充馬匹和戰具，屯田積糧，積極備戰。
萬曆四十四年1616年），努爾哈赤建立後金，年號天命，稱覆育列國英明皇帝，以赫圖阿拉為都城。
明朝自從嘉靖後期以後，政治日益腐敗。
明穆宗到神宗時期，雖然有張居正等大臣推行財政和軍事改革，一定程度上改變了明朝的頹勢，但是終究是曇花一現。
很快明神宗又開始長期怠政。
萬曆十四年1586年）十一月，明神宗開始沉湎於酒色之中，同時，為爭立皇太子，演成了曠日持久的“國本之爭”，門戶之爭日盛一日，互相傾軋。
東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。
因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。
萬曆十七年1589年），明神宗朱翊鈞不再接見朝臣，內閣出現了“人滯於官”和“曹署多空”的現象。
至於貪財一事，朱翊鈞他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。
為了掠奪錢財，他派出宦官擔任礦監稅使，四處搜刮民財。
萬曆二十年至二十八年1592年—1600年）間，明神宗針對邊疆的問題，發動了萬曆三大征，耗費了大量帑銀。
萬曆二十年1592年），哱拜和哱承恩父子在寧夏銀川反叛，明神宗派李成梁的兒子李如鬆為總兵，率軍平叛，一舉平息了哱拜之亂。
從萬曆二十年1592年）到二十七年1599年），日本關白豐臣秀吉發動侵略朝鮮的戰爭，朝鮮王京陷落，八道失陷七道。
朝鮮王朝請求明朝援助，明神宗決定派兵到朝鮮，援朝抗倭。
這場戰爭時斷時續，前後進行了七年多。
最後，日本因豐臣秀吉去世，將侵朝日軍撤出朝鮮。
萬曆十七年1589年），播州宣慰司使楊應龍發動叛亂，明神宗朱翊鈞派兵平叛。
這場戰爭時斷時續，一直到萬曆二十八年1600年），最後的結局是明軍八路進兵，四月告捷，平息了楊應龍之亂。
這三場戰爭也嚴重消耗了明朝的財力。
在明與後金對抗中，居於開原附近的女真族葉赫部，為避免被努爾哈赤吞並，依附明朝，反對後金。
鴨綠江以東的朝鮮李氏王朝，也傾向於明朝。
蒙古察哈爾部，住在歸化城與承德之間，與後金對立，但同明的關係也好壞無常。
住在大興安嶺南部的蒙古科爾沁部與住在大淩河以北的蒙古喀爾喀部，傾向並依附後金，常與後金配合，襲擾遼東。
萬曆朝鮮戰爭後，遼鎮的戰鬥力開始下降，精銳損失殆儘，短時間無法恢複。
據戶科都給事中李應策統計，遼東原有兵額，至萬曆二十八年1600年）隻有，也就是說減少了60。
壬辰戰爭後，遼東兵力之不足、防禦之單薄可見一斑。
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