憤怒的兩晉南北朝！
再度控製局麵，會稽王世子司馬元顯終於可以放輕鬆了，有劉牢之把守，孫恩終究成不了什麼大氣候。
400年底，司馬元顯以安帝司馬德宗的名義下詔，任命自己開府儀同三司、揚豫徐兗青幽冀並荊江司雍梁益交廣十六州軍區司令長官，兼徐州督導官，封兒子司馬彥璋為東海王。
幾天後，因天上星象發生變化，司馬元顯主動解除了主管朝廷機要的職務，但很快又加授政府最高行政長官。
這孩子玩得不變樂乎，讓朝廷官員大為苦惱，政府文官部長車胤，憤憤不平地找到會稽王司馬道子，請求他出麵好好管一管無法無天的兒子，可是司馬道子整天渾渾噩噩，美酒已占據了他所有生活空間，哪有工夫管兒子呢，車胤最終無功而返。
但這件事讓司馬元顯聽說了，氣勢洶洶地問他爹“車胤是不是想離間我們父子感情？”
司馬道子不置可否，隻顧拚命飲酒度日，司馬元顯一怒之下派人衝到車胤的府上，用暗示加強迫的手段讓車胤自殺。
到了401年2月1日，孫恩再度出手，從浹口進攻句章，被劉裕擊退，劉牢之得到消息，立刻與劉裕會師，發動大規模反攻，孫恩重新退回海上。
這之後，孫恩又進行了數次嘗試，全都無功而返，於是決定繞過句章，向北直撲海鹽。
劉裕發現了敵人的動向，立刻率領機動部隊尾隨追擊，乾擾變民的行動，並搶先在海鹽老城構築陣地，等到孫恩大軍趕到，一時不能攻克，反而死傷慘重。
但城中的政府軍到底太少，時間一長，終究很難抵擋，劉裕便連夜把軍旗收起來，派精銳部隊全部藏匿埋伏，到了第二天，下令大開城門，並讓幾十個老弱殘兵登上城牆。
變民大軍很快又來攻城，發現這種陣勢，忍不住問城上的士兵“劉裕在哪裡？”
士兵回說“昨夜已逃了。”
城門大開，軍旗全無，城上的守軍也都是老弱病殘，不由得變民不信，立即一擁入城，結果被劉裕埋伏的精銳伏兵打得落花流水，孫恩無奈之下隻得放棄海鹽，繼續向北推進，攻擊滬瀆。
劉裕也放棄海鹽，繼續尾隨追擊。
海鹽縣長鮑陋得知劉裕的戰績後，非常興奮，準備派兒子鮑嗣之，率縣裡的士卒一千人擔當討伐變民的先鋒。
劉裕察看了一下這一千人的隊伍，婉拒說“賊寇的軍隊十分強悍，如果前鋒失利，勢將影響我們的主力部隊，你既有心為國殺敵，最好作為殿後，壯一壯我軍聲勢也是好的。”
鮑嗣之不甘示弱，也不理會劉裕的部署，奮不顧身地領兵突擊。
劉裕沒辦法，隻好在沿途埋伏大量軍旗和戰鼓，等到鮑嗣之與變民交鋒，劉裕親自高舉軍旗，狂擂戰鼓，變民以為陷入包圍，立即撤退。
但此時敵眾我寡的形勢並未變化，鮑嗣之卻認定建立大功證明自己的機會來了，不顧劉裕的製止，驅動全軍發動追擊。
變民集團跑了沒多遠，就意識到政府軍的人數並不多，於是又折返回來，將鮑嗣之的隊伍擊潰，甚至斬了鮑嗣之本人。
如此一來變民士氣更加高昂，向劉裕發起猛攻。
劉裕一時不能招架，且戰且退，所率軍隊幾乎全部傷亡，好不容易到了發動伏擊的地方，劉裕讓殘餘的部眾剝去死者的衣服，然後整整齊齊地擺在旁邊。
變民很快追到，但見眼前的情景，懷疑有什麼詭計，不敢立刻進擊，劉裕突然大喊，率領部眾反攻，變民不明底細，倉惶撤退，劉裕也迅速撤離戰場。
外援退去，滬瀆不久便被孫恩攻克，吳國郡長袁崧陣亡，部眾殺傷四千多人。
6月1日，孫恩終於清除了進入內陸的障礙，準備從海上進入長江，突擊丹徒，此時已擁眾十餘萬人，戰艦也有一千多艘。
變民聲勢浩大，建康城內外全都戒嚴，冠軍將軍高素，駐防石頭，輔國將軍劉襲，用木柵切斷淮口，建康市長司馬恢之，在長江南岸布防，冠軍將軍桓謙，駐守白石，首都東區衛戍司令官王嘏，負責保護宮廷，司馬元顯仍不放心，又征召豫州督導官司馬尚之返京協防。
孫恩既從北路進擊建康，南路防線的鎮北將軍劉牢之也便沒有駐防的必要，從山陰出發，率軍北上阻截，可惜沒能趕上，便讓劉裕從海鹽緊急馳援。
劉裕此時的兵力不足一千人，人數少的好處是行軍速度快，得到軍令後，快馬加鞭，日夜前進，終於和孫恩同時抵達丹徒。
但人數人的缺點當然也是非常明顯的，而又長途跋涉，體力不繼，雖然與敵人遭遇，卻並不能迅速扭轉局麵，孫恩也瞧不起劉裕那麼點兵力，無意在當地糾纏，親率大軍登上蒜山，向建康直撲。
變民的船艦高大笨重，又值逆風而上，幾天後才隻到達白石。
孫恩原以為政府軍分散各地，兵力不能集中，打算趁此良機發動突擊，卻不知道竟在半道上耽擱了那麼久，而豫州督導官司馬尚之已領兵入城，劉牢之也正在北上的路上，過不了幾天就會被三路軍隊包圍，看著手下的那一根根鋤頭鐵棒，自知很難抵大批正規部隊的剿殺，雖然遺憾，但也隻得先行撤退，由海道北上，直撲鬱洲。
政府軍不久便會集京城，司馬元顯終於恢複了底氣，聽從劉牢之的建議，任命劉裕為下邳郡長，前往鬱洲討伐孫恩。
劉裕的部眾得到補充，士氣高昂，連戰連勝，大破變民集團，孫恩被迫沿海南下，劉裕則采取一貫的策略，一路尾隨追擊，一直把孫恩趕到海島才罷休，斬殺數萬變民，雖沒能徹底鏟除孫恩集團，但也對其造成了極其嚴重的傷害。
東晉政權再度轉危為安，但新的威脅正在步步逼近。
荊州督導官桓玄，一直厲兵秣馬，密切觀注著朝廷的變化，聽說孫恩逼近京城時，立即豎起軍旗，上奏朝廷要求東下討伐，實則想趁機控製建康。
司馬元顯知道他的小心思，正巧孫恩退走，急忙下詔製止，桓玄才解除了戒嚴，但也不可能就此鬆手，接著上疏推薦哥哥桓偉擔任江州督導官，鎮守夏口，軍政官刁暢，擔任輔國將軍、八郡軍事指揮官，鎮守襄陽，另派將領皇甫敷、馮該，駐防湓口，強迫把沮水、漳水一帶的少數民族二千戶人家，遷到長江以南，設置武寧郡，又招徠流亡的難民，設立綏安郡。
一係列的動作，目的性極強，就是培植自己的勢力，與建康當局對抗，司馬元顯意識到上遊已完全不受控製了，趕緊下詔讓自己人廣州督導官刁逵和豫章郡長郭昶之回京，能能爭取兩個算兩個。
但桓玄卻並不鬆手，嚴令把二人留下來，不準動身，公然抗命，中央與地方之間終於到了劍拔弩張的時刻。
本章完