在北宋徽宗統治的那個年代，浙江桐鄉縣有一位名為來本如的書生。他自幼孤苦伶仃，父母早早離世，年屆二十餘歲仍未婚配。雖然家境貧寒，來本如卻飽讀詩書，才華橫溢，尤擅長詩詞歌賦，俊朗的外表和出眾的氣質深受鄰裡讚譽。然而，儘管滿腹經綸，來本如卻未能在科考上取得任何功名，迫於生計，他隻得在本村的一位財主水鑒家中教授學問。
水鑒家有一閨女妙姑，正值豆蔻年華，十四歲的她是水鑒正妻所出，自正妻去世後，由繼母封氏引薦來本如到家中擔任私塾先生。當妙姑透過門縫偷瞧到來本如這位英俊少年時，心中不禁泛起喜愛之意。水鑒見來本如品行端正，且深得女兒青睞，便萌生了招他為女婿的想法。然而，來本如卻婉拒了財主的好意，他坦言自己尚未取得任何功名，希望能夠等到學業有成，功成名就後再考慮婚嫁之事。水鑒欣賞來本如的遠大誌向，因而尊重他的決定，不再強求這段姻緣。
一日，來本如進城與朋友相聚，沒想到暢談甚歡，耽誤了歸程，待他離開時已是暮色四合。為節省時間，來本如選擇了較為僻靜的近路返回。行走不到兩三裡，一座古老破敗的廟宇映入眼簾。長途跋涉的來本如感到疲憊，便在廟門前坐下稍作歇息。正當他享受著晚風拂麵時，忽聞廟內傳來陣陣女子淒厲的哭泣聲。好奇心驅使著他推門而入，隻見昏暗的廟內有兩個身形魁梧的和尚，正對一名年輕婦人施以暴行。
來本如驚愕之餘，還未及采取行動，其中一個和尚就已經察覺到他的存在，手持一根沉重的生鐵禪杖氣勢洶洶地撲向他。來本如見狀，慌忙轉身逃竄，卻在慌亂間被門檻絆倒，跌落了一隻紅色的鞋。那和尚緊追不舍，來本如赤足狂奔，一心隻想逃入附近的草叢深處。不料，慌亂中他並未留意腳下，一頭栽進了草叢中隱藏的一口無護欄的深井內。和尚緊跟其後，見來本如下井，立即將禪杖插入井中猛力攪動，卻始終無法觸及井底，這井顯然深不可測。和尚在井邊停留片刻，估摸著來本如必死無疑，便悻悻地收起禪杖，返回了廟中。
而當他回到廟內，卻發現那名年輕婦人已被殺害在庭院之中，他的同夥僧人也已不見蹤影。和尚驚恐萬分，意識到大事不妙，立刻丟下禪杖，快速逃離了廟宇，消失在茫茫夜色之中。
那個在廟中被殘忍殺害的女子究竟是誰？她，就是城中那家小有名氣的酒館老板劉阿閏的妻子，周氏。周氏與阿閏因些瑣事起了爭執，一氣之下，她決定回娘家去。娘家遠在城外五六裡外的鄉村，周氏獨自一人踏上了歸途。
當周氏來到那座古老的廟宇前時，天色已晚，四周一片寂靜。不料，她卻在廟門口遇到了兩個胖乎乎的和尚。這兩個和尚一見周氏年輕貌美，又是孤身一人，眼中便露出了貪婪與邪惡的光芒。他們毫不猶豫地將周氏拽入廟內，準備對她行不軌之事。
就在兩個和尚即將逞凶之際，一個名叫來本如的人闖入了山門。一個和尚手持禪杖衝向來本如，試圖阻止他；而另一個和尚則強行將周氏拖入廟的深處。周氏在廟中驚恐地叫喚著，聲音在空曠的廟宇中回蕩。和尚們擔心被人聽見，引來麻煩，於是其中一個和尚一時衝動，拔出刀來，狠心地結束了周氏的生命。
殺人的和尚沒有等待同伴回來，他害怕被追究責任，於是選擇了獨自逃命。而周氏的悲慘遭遇，就這樣被永遠地留在了那座古老的廟宇之中，成為了一個未解的謎團。
另一邊，自從阿閏與妻子周氏因瑣事爭吵，周氏一氣之下離家出走後，鄰居們紛紛勸說阿閏趕緊去追。畢竟天色已晚，周氏一個人回不到娘家，而且一個年輕女子獨自在路上行走，實在太過危險。阿閏在鄰居們的苦勸下，終於下定決心，跟著他們一路追尋而來。
當他們來到那座古廟前時，突然發現廟門檻附近有一隻鮮豔的紅鞋。眾人心中一緊，感覺事有蹊蹺，便撿起紅鞋仔細查看。當他們推開門走進廟內時，眼前的景象讓他們驚呆了——周氏滿身血汙，一絲不掛地躺在地上，已經沒有了生命氣息。
阿閏和鄰居們上前仔細辨認，確認死者正是他的妻子周氏。阿閏瞬間呆住了，仿佛被雷擊中一般，站在那裡一動不動。鄰居們手中緊握著那隻紅鞋，心中已經有了判斷——殺死周氏的凶手，很可能就是穿這隻紅鞋的人。而且，這個人肯定還沒逃遠，隻要馬上去追，或許還能抓住他。
於是，眾人一哄而散，紛紛衝出廟門去追捕那個穿紅鞋的凶手。然而，追了不到半裡路，他們卻隱隱約約聽到有人喊救命的聲音。眾人循聲找去，發現聲音竟是從一處草叢中的枯井裡傳出來的。
他們趕緊揭開井口的蓋子，用搭膊拴成繩子下到井裡。在井底，他們發現了奄奄一息的來本如。看到繩子落下來，他拚儘全力抓住繩子往上爬。眾人齊心協力，很快就將他從枯井中拉了出來。
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此刻，眾人心中充滿了疑惑和不安——這個來本如究竟是誰？他和周氏的死有什麼關係？穿紅鞋的凶手又究竟去了哪裡？這些謎團仿佛一道道陰影，籠罩在每個人的心頭，讓他們不禁感到一陣莫名的恐懼。
胡縣令話音一落，隨即命令手下準備動用重刑。兩班衙役早已嚴陣以待，他們一聽到縣令的命令“打！”，便毫不留情地揮起板子，狠狠地朝來本如身上砸去。來本如痛得撕心裂肺，渾身的骨頭仿佛都被打散了一般，最終承受不住酷刑的折磨，昏死過去。但衙役們並未就此罷休，他們用冷水將來本如澆醒，接著又是一輪殘酷的拷打。
經過幾番殘酷的折磨，來本如終於無法再忍受下去，他心理防線崩潰，隻能無奈地承認是自己加害並殺死了周氏。
胡縣令見來本如已經招供，便毫不猶豫地判了他死罪，將他打入大牢之中。此事迅速在城內外傳開，引起了軒然大波。水員外聽到來本如因殺人被關押的消息後，心中充滿了驚訝和不解。他一直認為來本如是個誠實可靠、風度翩翩的君子，怎麼可能做出如此傷天害理的事情呢？
懷著滿腹疑惑，水員外親自來到獄中探望來本如。在獄中，來本如將整件事情的前因後果一五一十地告訴了水員外。水員外聽完之後，對來本如的遭遇深感同情，並安慰他一番。同時，他還表示會儘力想辦法幫助來本如洗清冤屈，將他從牢獄中救出來。
時光荏苒，轉眼已是三年過去。來本如在這陰暗潮濕的牢獄中度過了漫長的歲月，而水員外則不惜一切代價，為他四處奔走，打點關係，隻為保全他的性命。若非水員外的全力相助，來本如恐怕早已命喪黃泉。
此時，江南地區方臘作亂，朝廷派出了張叔夜作為招討使，帶領梁山降將前去征討。方臘在接連的敗仗中，不得不放棄江南，帶著殘兵敗將逃往浙江。浙江當地的官府衙門紛紛逃離，牢房中的犯人也都趁機逃走，空無一人。
張叔夜抵達桐鄉後，方臘的軍隊繼續敗退。他檢查了桐鄉的大牢，發現裡麵的犯人幾乎都已逃走，唯獨一個書生還靜靜地呆在牢房裡。這個堅守在牢中的書生，正是來本如。張叔夜好奇地詢問來本如究竟犯了何罪，又為何不趁機逃走。來本如坦然地將自己的遭遇說出，並表示自己寧願一死，也不願成為和亂民一樣的逃犯。
張叔夜聽後深感來本如是個有骨氣的正人君子，於是他將來本如的案卷找來仔細查看。經過一番審視，他發現了其中的疑點。如果來本如真的禍害並殺死了周氏，那麼他何必還要留下紅鞋作為把柄呢？再者，來本如失足掉入井中，如果鞋子丟失，也應該是在井邊，而不是遠在廟門口。這些疑點讓張叔夜斷定，來本如是被冤枉的。
於是，張叔夜做主，將來本如赦免無罪，讓他重獲自由。來本如感激涕零，終於走出了這個困住他三年的牢獄，重新開始了他的生活。
來本如終於洗清了冤屈，正要向張叔夜拜辭離去。然而，張叔夜見來本如儀表堂堂，言談舉止間流露出不凡的韜略與文化底蘊，心中不禁暗自讚賞。經過一番思量，他決定留下這位才華橫溢的年輕人作為自己的參謀。
此時江南戰亂未平，來本如的家園也早已化為一片廢墟，無家可歸的他感激張叔夜的收留，便留在了軍中。兩人正在交談之際，一名軍校匆匆前來稟報，稱在府衙後堂發現了數百名年輕女子，她們都是方臘撤軍後留下的。張叔夜心中一沉，他知道這些女子都是被擄來的無辜民女，當即下令軍校將她們全部釋放回家。
軍校們開始逐一點名釋放這些女子，當點到一半時，突然一個女子從人群中走出，大聲呼喊著來本如的名字。來本如仔細一看，驚喜地發現這位女子正是水員外的小妾封氏。當初正是封氏介紹他來水員外家當教書先生的，兩人因此結下了深厚的情誼。
來本如連忙上前詢問封氏為何會流落到這裡，封氏含淚講述了戰亂後她與水員外一家避難的遭遇。原來他們在途中被方臘的士兵衝散，封氏不幸被擄走。如今她也不知道水員外和其他家人的下落。來本如心中焦急，忙問封氏那個尼姑庵的具體位置，封氏告訴他就在五十裡外的水月庵。
來本如立刻請求張叔夜幫忙尋找水員外一家，張叔夜立刻派出一隊精兵前往水月庵。同時，他將封氏暫時安頓在縣衙的房間裡，等待家人的消息。不久後，精兵們找到了水員外一家並將他們帶回了縣衙。水員外對來本如的救命之恩感激不已，當場決定將女兒妙姑許配給他。
張叔夜也為兩人的結合感到高興，他慷慨地出資二百兩彩金和二十端彩幣作為聘禮，並約定在大軍凱旋之日讓來本如和妙姑成親。不久之後，在張叔夜和來本如的共同努力下，他們成功設伏活捉了方臘，蕩平了方臘本部。大軍凱旋而歸，張叔夜因立下大功被升為樞密院正使，而來本如作為參謀也被賜進士及第並升為廣東監察禦史。
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功成名就的來本如終於回到了故鄉與妙姑成親。此時的他已經二十四歲，而妙姑也已經出落得亭亭玉立，年方十七。兩人的婚禮在鄉親們的祝福中隆重舉行，來本如終於找到了屬於自己的幸福歸宿。