萬曆六年九月初八，皇長女出生，朱翊鈞十六周歲上就做了父親。對於上輩子並沒有孩子的他來說，這是一種極新鮮的體驗——仿佛自己又長大了一次一般。
其實按照他最初的想法，最好是等十八歲大婚並且生子，給天下萬民做一個晚婚晚育的表率。但是隨著他對大明帝國的了解逐漸深入，就越發覺得不能將親政的日子推到三年之後；而張居正在原時空的壽命，也讓他感到時間緊迫，因為從治政能力和威望來說，張居正都是啟動並推動變法的不二人選。至於晚婚晚育榜樣的事兒——可由潞王和公主們代勞。
朱翊鈞對於皇後是心存愧疚的。一方麵在莊靜嘉心智不成熟的時候讓她進入了深宮；另一方麵，在莊靜嘉身體沒有發育完全的時候，為了讓她在自己突然駕崩後取得皇太後的身份，繼續推動改革，他還讓莊靜嘉懷孕了。
為策萬全，朱翊鈞一年來讓醫學院深入研究婦女生產技術。醫學院沒有受她啟發，就發明了產鉗等助產工具。也在積累了一些手術經驗後，試著對放棄希望的難產婦做側切手術和剖腹產手術。
即便在穿越者直接傳授了感染知識的前提下，因為麻醉和消毒手段的落後，側切術成功率不到七成，剖腹產手術成功率也剛到三成。
在民間，醫學院治療難產的名聲已經如同神靈一般。但對於朱翊鈞來說，這可怕的成功率和送死沒什麼區彆。無奈之下，在莊靜嘉臨產時，他竟然撥銀子款，安排人到各處祈福。兩宮也日日念經禱告，祈禱皇後順產。李太後還專門下懿旨，把在五台山的紫柏和憨山兩位高僧召來，在宮中舉辦法會祈福。
也許是神靈關照，也許是朱翊鈞讓皇後加強孕期鍛煉起了作用，莊靜嘉順產一個女孩，並未用上醫學院的手術室。儘管沒有生出兒子，但對於大臣們來說，皇帝皇後的生育能力得到了證明就足以讓他們上表祝賀，有些蛋疼的同時要求皇帝在後宮不要繼續專寵，以求廣種豐收。
在李太後多次警告，陳太後屢次勸諫下，朱翊鈞答應兩宮，皇後再次懷孕後，他將寵幸其他嬪妃，以廣子嗣——畢竟產後抑鬱這類事情在後世散布的到處都是，他還想和莊靜嘉白頭到老，因此更要慎重些。
皇長女出生後，並未起名，滿月後就冊封為榮昌公主。榮昌公主的誕生，也讓後宮其他嬪妃無比眼熱。朱翊鈞連續發落了幾個引他在禦花園、西苑等處“偶遇”嬪妃的身邊人，才保住了對莊靜嘉的“臨時忠貞”。
莊靜嘉對皇帝的專寵一方麵很是陶醉，另一方麵也壓力山大。朱翊鈞為了打消她的顧慮，隻好告訴她自己希望皇長子也是嫡子——對兩宮他也是如此解釋的。
皇帝能在皇後懷孕和生產期間忍住下半身的衝動，也刷新了大明宮廷人士的三觀。李太後對比自家夫君，酸溜溜的跟陳太後抱怨，她中出了一個異數——看看世宗和先皇的模樣，簡直不敢相信皇帝是世宗的後人。
在皇宮內做法事的憨山和尚，是慈聖太後較為欣賞的出家人之一。
有明一代，佛教的發展和太祖頒布的宗教政策密切相關。太祖本人當過一段時間的和尚，對佛教管理中存在的弊端非常清楚。他建極以後，認為佛教既有消極的一麵，也有重要的輔政作用，因此對於佛教是管理、利用相結合——至於他本人，廣造殺業的時候可沒有受到佛法的一絲一毫的影響。
出於便於統治和愚民的目的，並儘量減少佛教對生產生活的負麵影響。太祖在佛教的推廣和管理上製定了細密的宗教管理製度和措施[注1]。
這些製度和詔令對中國的佛教發展起到了決定性的作用。有明一代，佛教在中國的發展既沒有像滿清和後世那般泥沙俱下，魚龍混雜；也沒有像在滅佛的朝代中那般，被打壓的無處容身。一直不溫不火，處於一種健康狀態。
雖然嘉靖時期，佛教因為皇帝崇信道教受到了巨大的衝擊，但隆慶帝信仰佛教，並在登基後糾正了嘉靖崇道滅佛的政策。至於他的兩位妻子，則崇佛到了癡迷的地步。尤其是李太後，原時空她的崇佛活動，直接在晚明時期讓佛教興盛到了隋唐之後的最高峰。
在隆慶六年，剛秉政的慈聖太後會同馮保、國公朱希忠等權貴，向皇姑寺布施了一口大鐘。皇姑寺曆來與崇佛的明代宮廷關係密切，李太後布施大鐘實際上是向天下展示了當政崇佛的風向標。
李太後帶頭之後，立即在本就有一定佛教基礎的天下掀起了崇佛的風潮。“京師內外，多置梵刹，動費聚萬。”朱翊鈞穿越過來後，將李太後用內帑修造梵刹的興趣轉向了蒙古、寧夏和西藏等地。但漢地權貴為了巴結慈聖，布施寺田、金銀，遠超內帑在邊地的投入。