當義軍在河南正活躍時，在山東地方上，萊州府，濰縣。
在濰河西岸，有一片占地近兩千畝的龐大莊園，門口的牌匾上書“山東肥料公司濰縣分廠”。
此時，一支近百輛馬車的車隊緩緩進入莊園。
一名掌事正在逐輛清點車輛和馬匹，反複清點三次確認無誤後，掌事皺眉找到車隊隊長，問道“這次給青州府客戶運送肥料，出車一百輛，馬兩百匹，現在回來的馬隻有一百九十七匹，這事作何解釋？”
隊長麵露難色，道
“在益都縣給衡王府送肥料時，那管家說貨物太重就借了我們二十輛馬車運到王府莊園裡，回來的時候就有三輛車少了馬。我也問了王府管家，但那人死不承認，說來的時候就這個樣子，就這個數量，我也沒有證據，對方又是王府的人，我有什麼辦法呢？”
掌事手持賬簿，不悅道“送一趟肥料一百車利潤都不到百兩，這一匹最差的駑馬都要二十兩，一下子就不見了三匹，沒了六十兩。我上報公司，等公司來定奪好了！”
東廠當初進入山東時，由於人手不足就暗地裡招募了一批人，各行各業不論身份，他們沒有正式的在冊身份，也沒有固定的俸祿薪資，但他們風聞奏事。不論大事小情，隻要上報給當地百戶所，根據事情重要程度，後果影響大小，就可以獲得一錢到十萬兩的報酬，這些人被東廠內部稱之為“暗番”。
而此時就在掌事和隊長一旁的一名駕車小廝正是一名暗番，倆人的對話被他聽得一清二楚，當天便報到了青州府百戶所，青州百戶所上報給位於濟南府的山東千戶所，山東千戶所上報給魏忠賢。
七月二十六日，東廠的奏本放在朱由校案頭。
朱由校看完，冷笑道“貪汙腐敗都貪到朕的頭上來了，好得很呐！朕的這些叔伯兄弟，魚肉百姓，貪墨國朝，這是在挖大明的根！”
下首的魏忠賢和田爾耕不敢作聲，畢竟這是皇家內部的事情。
朱由校沉吟了一會，歎了口氣，道“山東那邊動手吧，東廠和錦衣衛共同行動。”
“遵旨！”
七月二十九日，那名暗番被留置在青州百戶所。
看著眼前白花花的三萬兩銀子，他馬上意識到這次的事情大條了，不禁流出了一身冷汗，聲音顫抖著問身邊的錦衣衛“請問大人，我……小人這……這次所奏之事，值……值……三萬……三萬兩白銀？”
那名錦衣衛道“你小子發達啦！這次也許是僅次於晉商案的又一大案，你立功啦！”說著還興奮地拍著暗番的肩頭。
暗番哆哆嗦嗦，胃裡風起雲湧，一陣陣乾嘔起來。
錦衣衛明白過來，遞了杯水給他，安慰道“你放心吧！你立功了，銀子你照收，後麵會吸納你為東廠的正式人員，你的身份資料也會被保密，為皇上賣命的人，皇上也會保你身家性命的！”
當晚，東廠和錦衣衛聯合行動，各地同時展開。青州府益都縣的衡王府、濟南府曆城縣的德王府、兗州府滋陽縣的魯王府全都被查封。山東各地自知縣以下官吏被大量抓捕入獄受審。
有趣的是，山東各地方百姓發現那些因為官吏被逮捕後出現的職位空缺，這邊舊官吏剛下大獄，第二天各知府知縣早有準備似的就任命新官吏補上，一點兒也不影響正常的行政事務。
八月三日，魯王朱壽鋐、德郡王朱由樞、衡世子朱由棷被送京麵聖。
錦衣衛護衛著車隊回京師，在承天門外被韓爌帶著人攔了下來。
錦衣衛帶隊的是都指揮僉事許顯純，見到承天門前烏泱泱一群朝中大臣，領頭的還是當朝首輔。他也不敢怠慢，忙來到跟前，見禮道“下官許顯純見過閣老，不知閣老和諸位大人這事？”
韓爌身邊一人出列，問道“車隊可是押送魯王、德郡王和衡世子入宮麵聖？”
許顯純看見問話之人是兵科給事中張鳳翔，便道“張大人言重了，下官是奉皇上旨意護送皇族入宮麵聖，何來押送一說？”
禮部主事荊養喬怒色道“魯王、德郡王、衡世子皆為皇親國戚，皇族事宜曆來皆由禮部管理，什麼時候輪得到你們錦衣衛插手！”
明朝原本是專門設立了宗人府負責管理皇族事宜的，隻是在永樂帝後宗人府大多由勳貴掌管，所管理的事務大多交給禮部來辦理，所以宗人府基本上是名存實亡的狀態。
百官攔著錦衣衛不讓他們進宮，錦衣衛不敢硬闖也不肯把人交給韓爌等人，兩方一時間僵持在紫禁城外。
許顯純無奈，隻好派人告知田爾耕，田爾耕急忙奏告皇帝。
過了許久，魏忠賢和田爾耕帶著大批錦衣衛來到承天門外。
魏忠賢道“陛下有旨！魯王朱壽鋐、德郡王朱由樞、衡世子朱由棷暫時安置錦衣衛衙門，令刑部、都察院、大理寺三司聯同北鎮撫司明日會審。”
錦衣衛這邊自然是樂意。韓爌等文武百官雖然不樂意，但皇帝都明確下旨了，已經給足百官麵子，自然也不好再蹬鼻子上臉，隻好齊齊稱是。
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三王府中皇族血親有四百多人，這些都是皇親國戚，錦衣衛也不好用刑逼審，便順勢交給三司會審，而其餘那些王府中人和各地抓捕的胥吏則全部被帶到詔獄中去了。
其實這三司會審形同虛設，反正主審官問的問題這些皇親國戚死皮賴臉一概否認，拚命推脫罪責撇開關係，主打一個無辜冤枉。三司也不敢對他們用刑。
如此一來，審問毫無線索，案情毫無進展。
北鎮撫司參加會審的是當初朱由校從開平衛調回來的張全，他剛剛被任命為北鎮撫司千戶不到兩個月。
影衛已經初步建成，朱由校便把張全調入錦衣衛，為以後徹底掌握這一特務機關做準備。
張全覺得這幫主審迂腐得不行，案件調查磨磨唧唧，在這裡簡直就是浪費時間，便留下幾名手下在這裡裝裝樣子，自己一溜煙跑到詔獄裡審人去了。
三司的主審官麵對一幫子皇親國戚束手無策，審了兩個月，沒有任何成效。
內閣首輔兼禮部尚書韓爌、刑部尚書薛貞、左都禦史高弘圖、大理寺卿陳揚美終於也是熬不住了，便齊齊入宮麵聖，放棄會審。
於是，案件由錦衣衛全麵接手。
天啟八年十月十八日，朱由校下旨革除魯、德、衡三國，罰沒家財家資，名下田產、房產全部收歸朝廷，魯、德、衡世係親屬全部廢為庶人。
另外，在三王府的皇親國戚中有四十七人手染人命、罪大惡極，被秘密押送到宗人府縊死。
山東各地抓捕的官吏、有關案犯八千餘人，抄家滅族一千兩百餘人，其餘流放邊疆。
此案因遺失三匹馬而起，是為“三馬案”，世稱“天啟第三大案”。
“三馬案”後，朱由校基本掃清了山東的地方勢力，把整個山東牢牢掌握在手中。
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