十月二十日，朱由校下旨革除山東都司下屬各衛所。
東昌衛、平山衛、臨清衛、及東昌府各地千戶所、百戶所整編為“東昌衛”；
濟南衛、德州衛、德州左衛及濟南府各地千戶所、百戶所整編為“濟南衛”；
青州左衛、安東衛及青州府各地千戶所、百戶所整編為“青州衛”；
兗州護衛、任城衛、濟寧衛、沂州衛及兗州府各地千戶所、百戶所整編為“兗州衛”；
萊州衛、靈山衛、鼇山衛、登州衛、威海衛、成山衛、靖海衛、大嵩衛及萊州府、登州府各地千戶所、百戶所整編為“登萊軍”，設立“登萊軍指揮使司”。
由於兗州府和青州府各衛所早就被盧象升調到了河南歸德府整訓備戰參與圍剿義軍，所以兗州衛和青州衛的整編直接交由盧象升在歸德府就地進行，成為山東都司最早完成整編，並形成戰鬥力的兩衛。
早在袁可立成為山東總督時，為了管理好登萊兩府，不斷支援東江鎮，袁可立就整頓過登萊各衛所，強化了萊州衛和登州衛的戰備和紀律；
後來盧象升代理山東軍務，大力加強了軍務訓練、兵器甲胄的修理補充；
張允登和張光奎主持軍務時，又清除了衛所中的老弱病殘和大量吃空餉的關係戶；
到袁樞巡撫登萊時，招募補充了大量新兵加強訓練。
可以說，登萊兩府的衛所是除邊軍外，朝廷在地方上掌控力度最大、即戰力最強的隊伍了。
由於準備充分，執行力強，政令執行到位，登萊軍迅速整編成左、中、右三軍。
十月三十日，朱由校任命曹文詔為登萊軍指揮使，曹變蛟為參將，率登萊軍趕赴河南參與圍剿。
十一月二日，朱由校收到登萊巡撫袁樞的奏折。
袁樞奏報
山東登萊船務工程，目前膠州灣一期工程第一批四家造船廠、十二座船塢已基本建成，月底之前就可以投入生產建造戰船；
第二批的六家造船廠、十八座船塢預計明年開春後可以建成；
鼇山衛和威海衛的二期工程已完成了道路橋梁等基礎設施建設，但由於冬季海水封凍無法施工，預計要等到開春海水化開後才可以開建。
十一月四日，朱由校下旨
遷南居益為右副都禦史，巡撫浙江並提督浙江軍務；任命朱欽相為浙江巡視海道寧紹兵備參政；任命朱一馮為分巡台紹道兵備副使；
起熊明遇為右僉都禦史，巡撫福建並提督軍務；任命王瑞栴為福建都司都指揮使，都督福建陸上戎務；任命熊文燦為福建總兵官，提督福建水師。
山東兗州府巨野縣，一個煤礦場。
郝三，因在家中兄弟排第三，故單名一個“三”，陝西延安府人。早年陝北大旱，遍地饑荒，郝三家人多受災而死，為求生路而隨李自成起事，一路南征北戰。因其驍悍無畏，常手執大旗在陣前呐喊助威，又身先士卒屢立戰功，故義軍士兵多稱其“郝搖旗”。
此時，數千義軍俘虜正在礦場中挖鑿，郝搖旗也身在其中。
當日歸德府一戰，兵敗被俘，郝搖旗身為義軍先鋒大將，自以為必死無疑，卻不料經過簡單的審訊後就被押解到山東地界做苦役。
在這礦場中雖然辛苦，但負責監視的官差卻給他們發過冬的棉衣，每天能吃一頓飽飯，隔幾天還能吃一頓肉粥。郝搖旗還多次聽到官差稱他們為“勞改犯”，而不是“死刑犯”、“叛賊”一類必死的稱號。
每天剛蒙蒙亮，官差就會敲響一個鐵鐘把他們喊醒，驅趕他們去挖煤挖礦。
一開始這些義軍俘虜以為必死，大多不願意配合。結果正午的時候夥夫送來熱騰騰的米飯饅頭和大盆菜。官差持刀把乾活和不乾活的人分開，乾活的少數俘虜結結實實吃了一頓飽飯，那些沒乾活的隻能看著官差手中明晃晃的刀乾咽口水。
午後開工那些又冷又餓的俘虜馬上一窩蜂地湧上去賣力乾活。
郝搖旗自持身份和幾十名老部下堅持不乾活，晚飯的時候想趁亂混入人群中蹭吃，卻被官差一頓棍棒打趴下。
官差趾高氣揚說道“乾活吃飯！他們有飯吃是他們挖礦勞作得來的，你們沒乾活有什麼資格吃飯？”
郝搖旗怒目圓睜，但怕挨棍棒也沒敢頂嘴。
官差道“想吃飯可以，你問問他們乾活的人答不答應！”
郝搖旗看向那些吃飯的人，一個個自顧自狼吞虎咽著，壓根沒人願意正眼看一下他們。
於是，郝搖旗和幾十號老部下又冷又餓地過了一夜。
第二天一早鐘聲響起，郝搖旗一睜眼就發現身邊的幾十名老部下早已不知所蹤。他也顧不得那麼多，一溜煙就跑出了窩棚，隻見那些老部下全都加入了挖煤大軍中去了。
郝搖旗一臉呆愣，隻有前方一名官差一臉嘲笑地對他說“想吃飯就乾活去！想當餓死鬼你可以回去繼續睡覺！”
過了好一會兒，郝搖旗搖頭歎息了一聲，也加入到勞作中去。
在礦場勞作了一個月後，一天中午吃飯時竟然每人分到了一碗肉、一碗熱湯，而且白飯管夠，可以吃到撐。
這頓飯眾人吃得興高采烈，許多人這麼多年從未吃過這麼滿足的一頓飯食。
吃完後好一段時間都沒有驅趕他們去乾活。郝搖旗心裡暗暗嘀咕“這怕不是斷頭飯吧？”
官差們把眾人全部驅趕到一片開闊地中。前排官差持棍維持秩序，後排官差持刀圍布在四周，高處的了望台有弓弩手觀望四下。
過了許久，官差們讓開一條道，一隊身著飛魚服的錦衣衛魚貫而入排列兩側，迎出一名身著花帶環綬、錦雞緋袍的官員。
官員手持聖旨，上前道“本官乃山東都司都指揮使楊所修。皇上有旨，爾等作亂犯上、屠戮朝廷命官、搶劫官倉，罪大惡極，按律當斬！”
話音未落，人群中一陣騷動。郝搖旗渾身一僵，身邊的老部下低聲說著“郝爺，狗皇帝要對咱下手了，橫豎是死，帶著弟兄們殺出去搏條生路吧！”
身邊的老兄弟紛紛勸說著，郝搖旗心中也是天人交戰、反複搖擺，正胡思亂想時無意間瞥了一眼楊所修，隻見其嘴角隱隱間有笑意，眼神更是有幾分玩味。
郝搖旗心中大定，對身邊人道“都不許輕舉妄動，要死彆帶上老子！”
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