憤怒的兩晉南北朝！
398年8月，楊佺期與桓玄率領艦隊突然在湓口出現，江州督導官王愉沒有防備，倉惶逃往臨川，被桓玄的特遣部隊擒獲。
大禍已經開始，司馬道子讓世子司馬元顯為剿匪司令官，然後派首都衛戍司令官王珣、右將軍謝琰，聯合率軍討伐王恭，譙王司馬尚之則率軍討伐庾楷。
9月10日，司馬尚之在牛渚大破豫州督導官庾楷，庾楷單人匹馬投奔桓玄，司馬道子於是任命司馬尚之為豫州督導官，其弟司馬恢之為驃騎將軍府軍政官、兼首都建康市長，司馬允之為吳國郡長、司馬休之為襄城郡長，每個人都手握強大武裝部隊，為司馬道子聲援。
幾天後，桓玄在白石大破朝廷軍隊，與楊佺期挺進到橫江，司馬尚之撤退，司馬恢之所屬水師全軍覆沒，形勢至為緊急，司馬道子把大本營設在中央政府辦事處，派司馬元顯駐防石頭、王珣防禦北郊、謝琰守衛宣陽門，嚴陣以待。
但兩大軍區的軍隊長驅直入，這些人顯然是抵擋不住的，不出意外的話，當年的蘇峻之亂將要重演了。
然而意外還是發生了。
王恭自從誅殺了王國寶，自認為威力無邊，從不把彆人看在眼裡，就算最得力的左右手、軍政官劉牢之，也隻是把他當作普通部屬，並沒有特彆優待，而劉牢之能力突出，戰功卓著，對此深感羞辱。
司馬元顯得到這個情報，立刻派廬江郡長高素，秘密遊說劉牢之，唆使他背叛王恭，承諾事成之後，把王恭的官位轉授於他。
高素帶上司馬道子的親筆書信，詳細分析了禍福利害，劉牢之確實心動了，與兒子劉敬宣商議說“王恭從前蒙受先帝的大恩，而今又是皇上的舅舅，不思擁戴皇家，反而幾次出兵，攻擊京都，我不能想象他的野心到底有多大，一旦戰勝，他難道還肯屈居人臣嗎？我打算接受朝廷的指示，討伐叛逆，你覺得如何？”
劉敬宣說“朝廷雖然稱不上英明神武，卻也並沒有太惡劣的暴行，王恭仗恃手中的軍隊，欺負皇家，父親跟他在感情上既不是骨肉，道義上也不是君臣，雖然在一起共事了一段時間，情意卻並不能相投，今天討伐他，於公於私並不失據，父親何需多慮？”
劉牢之終於下定決心。
但在劉牢之出手之前，王恭的軍事參議官何澹之卻意外探聽到了他們父子的陰謀，第一時間報告給王恭，請求王恭將劉牢之廢黜。
因為何澹之與劉牢之平時就不怎麼和睦，王恭卻不相信何澹之的報告，甚至還設下筵席，邀請劉牢之共餐，並在大庭廣眾之下，戲劇性地與劉牢之義結金蘭，尊稱劉牢之為大哥，還把所有的精銳部隊全都配屬給劉牢之，讓他擔任前鋒司令。
劉牢之對於王恭，好比楊佺期對於殷仲堪，同是互相依賴的關係，王恭並沒什麼軍事才能，全都仰仗劉牢之的部署，可對這一親信又不能真正親之信之，因此招來禍患，此時受到何澹之的點撥，反而開了竅。
然而畢竟晚了一步，開弓沒有回頭箭，劉牢之雖覺遺憾，卻已無法再事奉王恭，領軍到竹裡後，立即倒戈，向朝廷投降，並派劉敬宣和女婿高雅之率軍折返京口，襲擊王恭的大本營。
王恭正在城外炫耀他的兵力，劉敬宣派出騎兵，展開大舉突襲，王恭大軍瞬間潰散，王恭本要返回城中，高雅之已搶先入城，並緊閉城門，王恭隻得單人匹馬投奔曲阿。
一路上，王恭恨得渾身發顫，怎麼也想不到劉牢之居然敢做出這種事，而因為平時從沒有練習過騎馬，經過長途奔跑，大腿都磨破了，更是憤恨不已。
抵達曲阿後，王恭在舊部殷確的幫助下，準備乘船投奔上遊的桓玄，結果劃到長塘湖時，遭人檢舉捕獲，被押解到倪塘斬首示眾。
臨死時，王恭倒也不失氣節，從容不迫地梳頭發理胡須，神色與平常一樣，苦笑著對監刑官說“我自己昏庸，輕率地相信彆人，以致到了今天這個地步，追究我的本心，豈不忠於國家，隻不過希望百世之後，仍有人知道有個王恭罷了。”
首惡鏟除，子弟黨羽也全都處死，司馬道子履行自己先前的承諾，任命劉牢之為兗青冀幽並徐六州及揚州晉陵軍區司令長官，接替王恭的官位。
這時西路叛軍楊佺期和桓玄已進抵石頭城下，殷仲堪則進抵蕪湖，司馬元顯從竹裡快馬返回京都，派首都建康市長王愷，征發京師的知識分子和民眾數萬人，據守石頭抵禦。
楊佺期和桓玄聽說王恭的死訊後，並不知道劉牢之與朝廷的秘密交易，上疏為王恭申辯，要求誅殺劉牢之，但劉牢之很快就率北府兵團，在新亭紮營，楊桓二人方才得知劉牢之已和司馬道子站到了同一戰線，隻得先撤退到蔡洲再作打算。
朝廷因為不知西路軍的虛實，而殷仲堪的將士數萬人，布滿了京畿地區，司馬道子仍然焦灼不堪。
首都東區衛戍司令官桓修，是桓衝的兒子，也是司馬道子的姐夫，機智的他已想到一個絕妙的點子，興奮地對司馬道子說“我已經洞察了他們的內情，西路叛軍可以解決！”
司馬道子也為之興奮，趕忙詢問對策，桓修認為殷仲堪和桓玄以下的將領，全都指望王恭，但王恭兵敗身死，沮喪與恐懼的情緒在軍中彌漫，如果用重大利益引誘桓玄和楊佺期，二人心裡一定暗暗歡喜，桓玄可以克製殷仲堪，楊佺期也可能叛變，生擒殷仲堪。
司馬道子瞬間展顏，便以司馬德宗的名義任命桓玄為江州督導官，召回郗恢擔任政府行政官，任命楊佺期接管梁雍秦三州軍區司令長官、兼雍州督導官，貶黜殷仲堪為廣州督導官，派殷仲堪的叔叔、祭祀部長殷茂，前往西路叛軍大營宣讀詔書，讓大軍立刻撤退。
桓修則被擢升為荊州督導官，暫時兼管首都東區衛戍司令官的官屬，劉牢之選派了一千人的北府精兵，負責護送桓修到差上任。
殷仲堪聽到殷茂宣讀的詔書，簡直不能更生氣，催促桓玄和楊佺期立刻發動攻擊。
但桓楊二人卻開始猶豫起來，拚儘氣力起兵還不就是為了榮華富貴，如今富貴近在咫尺，且不用付出半點辛苦，何樂不為呢？
殷仲堪得知桓楊不聽號令，更加惱怒，立即從蕪湖回軍，並派人向蔡洲大營的士卒宣告“你們如果不能馬上離開軍營，趕緊逃回，等我到了江陵，屠滅你們全家！”
這招釜底抽薪還是很管用的，楊佺期和桓玄都有不少家人在江陵，說什麼也不能把家人往火坑裡推，火速追趕殷仲堪，終於在尋陽會師。
但殷仲堪還是意識到了自己的危險，他已失去了荊州督導官的合法地位，隻能依靠桓玄等外援，而桓玄等人極有可能為了封賞鋌而走險，楊佺期素來野心勃勃，更不是省油的燈。
三人之間開始互相猜忌，可又不得不抱團取暖，關係十分微妙，桓修的計謀大獲全勝。
本章完